Bộ trưởng là người đứng đầu Bộ Y tế, chịu trách nhiệm trước Quốc hội, Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ về toàn bộ hoạt động của Bộ Y tế và trực tiếp giải quyết các công việc bao gồm:

• Chỉ đạo, điều hành Bộ Y tế thực hiện chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn theo quy định của Hiến pháp và pháp luật.
• Phân công công việc cho các Thứ trưởng.
• Phân cấp cho Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương giải quyết một số công việc thuộc ngành, lĩnh vực quản lý nhà nước của Bộ.
• Ủy quyền cho thủ trưởng các đơn vị thuộc Bộ thực hiện một số công việc cụ thể trong khuôn khổ pháp luật;
• Phối hợp với các Bộ, cơ quan khác để xử lý các vấn đề có liên quan đến nhiệm vụ của Bộ Y tế hoặc các vấn đề do Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ phân công.
• Chỉ đạo việc hướng dẫn, thanh tra, kiểm tra hoạt động của các đơn vị thuộc Bộ Y tế trong việc thực hiện pháp luật, nhiệm vụ đã phân công, phân cấp thuộc lĩnh vực quản lý Nhà nước của Bộ, ngành.